Struer kirke fik sit første orgel i 1892, udført af Frederik Nielsen. Efter at kirken ved sin ombygning i 1924 havde fået antallet af siddepladser fordoblet, stod det klart, at Frederik Nielsen?orglet fra 1892 var for lille.

Skønt det, efter den store økonomiske anstrengelse ved ombygningen, var småt med midlerne, bestilte menighedsrådet 31. december 1924 et nyt orgel hos det ansete orgelbyggerfirma Th. Frobenius & Co. i København.

I 1970 fik kirken igen nyt orgel, bygget af orgelbyggerfirmaet Bruno Christensen & Sønner, Terkelsbøl. Orglet er bygget efter det højt berømmede nordtyske barokorgels idealer og er således et instrument især egnet til baroktidens musik.

I 1976 fik kirken sit fra mange sider højt berømmede cembalo, der er bygget i England af Dennis Wolley, som en kopi af et flamsk Rucker-instrument fra 1600 tallet.

Struer kirke er derved med sine to orgler, cembalo og klaver et attraktivt sted for koncerter. I 2005 blev orglet udvidet til 30 stemmer.

I 2016 gennemføres en opgradering af Struer kirkes orgel.

Kirkeorglet blev udvidet med et kororgel i 1986, bygget af orgelbyggerfirmaet I. Starup og søn.